沼气发电机的余热利用分为两部分，一是排烟的余热利用，二是发电机自身冷却热量的利用。目前，国内的发电机不提供机组自身冷却热量的利用，只有排烟的余热可用。国外机组，例如GE Jenbacher的内燃机，可以提供上述两部分的余热利用。余热利用有以下四种方案：
1）热水型。利用发电机的余热可以产生90℃甚至更高温度的热水。这种形式在需要供暖的北方地区可以使用。
2）烟气型。利用烟气的余热配合吸收式制冷机组，可以提供冷源负荷。
3）蒸汽型。利用烟气的余热可以产生饱和蒸汽或者过热蒸汽，但是沼气发电机组的容量较小，蒸汽的产量较小。例如，一台1MW的沼气发电机组，可以产生1.0吨左右，蒸汽压力为0.6MPa的饱和蒸汽，作为供汽负荷使用。
4）发电型。利用发电机的余热，配合螺杆膨胀动力机发电。一台1MW的沼气发电机组，利用排烟余热，可以配置一台70KW的螺杆膨胀动力机发电。
目前，我国集约化养殖厂一般建在农村比较偏远的地方，养殖场周围没有热、汽用户，冷源用户也少，沼气发电厂通常建在养殖场的附近。因此，采用发电型方案可能是沼气发电余热利用的 佳方式。

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